Lưu vực sông Nhuệ - Đáy có vai trò quan trọng trong phát triển kinh tế, xã hội của các tỉnh, thành phố như: Hà Nam, Nam Định, Ninh Bình, Hòa Bình, Hà Nội. Tuy nhiên, ngoài lợi ích mang lại từ nguồn tài nguyên thì tình trạng ô nhiễm môi trường nói chung và môi trường nước nói riêng tại lưu vực sông Nhuệ - Đáy rất nghiêm trọng, gây ảnh hưởng đến sức khỏe cộng đồng. Những năm gần đây, dưới sự chỉ đạo của Sở TN&MT TP. Hà Nội, một số dự án cải tạo môi trường lưu vực sông đã bước đầu có những dấu hiệu khả quan.