Tổng diện tích của khu dự trữ sinh quyển này lớn hơn 105.558 ha, trong đó có 66.256 ha là đất liền ven biển và 39.302 ha mặt nước biển thuộc 25 xã của các huyện Kim Sơn (Ninh Bình); Nghĩa Hưng, Giao Thủy (Nam Định); Tiền Hải, Thái Thụy (Thái Bình). Vùng lõi có diện tích hơn 14.000 ha, vùng đệm gần 37.000 ha, vùng chuyển tiếp trên 54.000 ha, có số dân trên 128 000 người (2004).
Khu dự trữ sinh quyển đồng bằng sông Hồng gồm 3 phân vùng riêng biệt, thuộc các cửa sông Đáy, cửa Ba Lạt và cửa Thái Bình.
• Vùng ven biển cửa sông Đáy nằm trên 7 xã thuộc huyện Kim Sơn và 6 xã thuộc huyện Nghĩa Hưng.
• Vùng ven biển cửa cửa Ba Lạt nằm trên 4 xã thuộc huyện Giao Thủy và 3 xã huyện Tiền Hải.
• Vùng ven biển cửa cửa Thái Bình nằm trên 5 xã thuộc huyện Thái Thụy.
Có 3 đô thị loại V thuộc khu dự trữ sinh quyển châu thổ sông Hồng là thị trấn Bình Minh, thị trấn Rạng Đông và thị trấn Diêm Điền.
Vùng chuyển tiếp
Vùng chuyển tiếp có diện tích 54.541 ha còn được gọi là vùng phát triển bền vững, nơi cộng tác của các nhà khoa học, nhà quản lý và người dân địa phương. Tạo điều kiện thuận lợi và đẩy mạnh các hoạt động phát triển kinh tế, du lịch, dịch vụ đi đôi với tuyên truyền giáo dục nâng cao nhận thức cộng đồng. Khu dự trữ sinh quyển châu thổ sông Hồng có năm vùng chuyển tiếp thuộc địa giới hành chính của 5 huyện.[2] Ranh giới vùng chuyển tiếp được xác định dựa trên địa giới hành chính xã nằm dọc theo đê biển.
Vùng đệm
Vùng đệm có diện tích 36.849 ha. Là vùng tiếp giáp với vùng lõi, có thể tiến hành các hoạt động kinh tế, nghiên cứu, giáo dục và giải trí nhưng không ảnh hưởng đến mục đích bảo tồn trong vùng lõi. Khu dự trữ sinh quyển châu thổ sông Hồng có năm vùng đệm thuộc địa giới hành chính của 5 huyện: Thái Thuỵ và Tiền Hải - Thái Bình; Giao Thuỷ và Nghĩa Hưng - Nam Định; Kim Sơn - Ninh Bình.[3] Ranh giới vùng đệm được tính từ đê biển ra phía ngoài bãi bồi thấp nhất khi nước triều xuống. Toàn bộ diện tích rừng ngập mặn được khôi phục và trồng mới cùng với các bãi nuôi vạng, hệ thống đầm nuôi thuỷ sản giáp chân đê biển đều nằm trong vùng đệm. Đây là khu vực rất quan trọng cho các loài chim di cư từ vùng lõi cũng như các nơi khác đến kiếm ăn và trú ngụ. Việc quản lý đặt dưới sự chỉ đạo của cơ quan và chính quyền địa phương trong việc kết hợp hài hoà giữa phát triển kinh tế tạo nguồn thu nhập cho người dân địa phương và bảo tồn rừng ngập mặn vừa có tác dụng phòng hộ vừa góp phần tăng nguồn lợi thuỷ hải sản.
Vùng lõi
Vùng lõi có diện tích 14.167 ha. Mục tiêu quản lý vùng lõi là bảo tồn đa dạng sinh học, hạn chế các hoạt động của con người. Khu dự trữ sinh quyển châu thổ sông Hồng có hai vùng lõi, là Vườn Quốc gia Xuân Thủy[4] và Khu Bảo tồn thiên nhiên đất ngập nước Tiền Hải[5]
Việc bảo tồn đa dạng sinh học vùng lõi gắn liền với việc bảo tồn rừng ngập mặn và những bãi bồi ven biển, cửa sông. Không giống như các khu bảo tồn trong nội địa, vùng lõi trong khu dự trữ sinh quyển này vẫn thường xuyên chịu sức ép của việc khai thác và đánh bắt thuỷ sản quá mức. Có thể nói rất khó phân chia diện tích vùng lõi hay vùng đệm, bởi vì việc đánh bắt thuỷ sản ở vùng đệm sẽ trực tiếp làm suy giảm đa dạng sinh học vùng lõi. Các bãi bồi nuôi vạng hay các loài thuỷ sản khác không chỉ làm mất đi vẻ đẹp cảnh quan mà còn làm đảo lộn các chuỗi và lưới thức ăn trong tự nhiên.
Cảnh quan - sinh thái
Khu dự trữ sinh quyển thế giới châu thổ sông Hồng bao gồm cả khu vực bãi ngang, rừng ngập mặn Kim Sơn, Nghĩa Hưng, Thái Thụy, VQG Giao Thủy, cồn Nổi, cồn Vành, cồn Thủ, khu bảo tồn thiên nhiên Tiền Hải, và các vùng phụ cận, Khu Ramsar Xuân Thuỷ. Đây là khu Ramsar được công nhận vào năm 1989, là khu đầu tiên ở Việt Nam, cũng là khu Ramsar đầu tiên của Đông Nam Á và thứ 50 của thế giới. Là nơi cư trú của những loài chim nước, do các nước tham gia ký tại tp. Ramsar, Cộng hoà Hồi giáo Iran.
Khu vực có khoảng 200 loài chim, trong đó có gần 60 loài chim di cư, hơn 50 loài chim nước. Nhiều loài quý hiếm được ghi trong sách đỏ thế giới như: cò thìa, mòng bể, rẽ mỏ thìa, cò trắng bắc,... Sinh cảnh đặc sắc nơi đây là những cánh rừng ngập mặn rộng hàng ngàn ha, đầm lầy mặn, bãi bồi ven biển và cửa sông. Những cánh rừng này được ví như bức tường xanh bảo vệ đê biển, làng xóm khỏi bị tàn phá bởi gió bão, nước biển dâng, và cả thảm hoạ sóng thần nếu xảy ra.
Rừng ngập mặn là nơi nuôi dưỡng sinh đẻ của các loài hải sản. Như một vườn ươm cho sự sống của biển, rừng ngập mặn cung cấp nguồn lợi thuỷ sản phong phú cùng với 500 loài động thực vật thuỷ sinh và cỏ biển cung cấp nhiều loài thuỷ hải sản có giá trị kinh tế cao như tôm, cua, cá biển, vạng, trai, sò, cá tráp, rong câu chỉ vàng. v.v.
Khu dự trữ sinh quyển thế giới đồng bằng sông Hồng có tiềm năng rất lớn về du lịch sinh thái, tham quan và tìm hiểu về thế giới tự nhiên.
Ngay sau khi được UNESCO công nhận là khu dự trữ sinh quyển thế giới, hoạt động khai thác du lịch ở các khu vực dự trữ sinh quyển châu thổ sông Hồng đã được 3 tỉnh quan tâm đầu tư khai thác.
Thái Bình
Tỉnh Thái Bình đã quy hoạch và đưa vào khai thác khu du lịch Cồn Vành thuộc huyện Tiền Hải. Cồn Vành được xem là một điểm có nhiều tiềm năng thuận lợi để phát triển thành một khu du lịch sinh thái hấp dẫn. Đây là bãi bồi rộng gần 2.000 hecta, với địa hình tương đối bằng phẳng, nằm ở phía đông xã Nam Phú (huyện Tiền Hải), phía Bắc giáp Cồn Thủ, phía Nam giáp cửa Ba Lạt (cửa sông Hồng), phía Đông giáp biển đông. Cồn Vành nằm trong hệ thống liên hoàn các khu rừng ngập mặn ven biển trải dài từ Ninh Bình- Nam Định- Thái Bình- Hải Phòng- Quảng Ninh. Nơi đây có hệ sinh thái rừng ngập mặn khá phong phú với nhiều loài thực vật như sú, vẹt, bần, thông, trên 200 loài hải sản có giá trị và nhiều loài chim quý hiếm.
Trước đây, khách đến với Cồn Vành vì muốn ngắm hàng phi lao xanh rì chạy suốt chiều dài bãi biển, thú vị hơn còn có thể leo lên đỉnh của ngọn hải đăng phóng tầm mắt ra ngoài khơi xa. Đường ra Cồn Vành là những nhánh sông với những bãi sú vẹt - rừng ngập mặn bảo vệ khu vực biên giới biển. Hiện nay, nhờ có tuyến đê PAM dài gần 10 km và 4 cây cầu mới được xây dựng, nối liền các nhánh sông, việc đi lại đã thuận tiện hơn rất nhiều, khiến cho Cồn Vành trở nên gần gũi hơn với người dân bản địa và du khách gần xa. Dọc hai bên đường là khu đầm vùng nuôi thả thủy hải sản của người dân.
Nam Định
Hiện tại tỉnh Nam Định đã đưa vào khai thác du lịch cộng đồng tại vườn quốc gia Xuân Thủy. Vườn nằm ở xã Giao Thiện, huyện Giao Thuỷ, tỉnh Nam Định, là một điểm du lịch sinh thái môi trường tìm hiểu đời sống những loài chim di trú. Vườn quốc gia Xuân Thủy, với tổng diện tích là 12.000 ha thuộc vùng cửa sông Hồng, nằm hầu hết ở địa phận xã Giao Thiện, huyện Giao Thuỷ, Nam Định, trải dài qua Cồn Lu, Cồn Ngạn, Cồn Xanh. Vườn quốc gia Xuân Thủy còn là khu Ramsar của Việt Nam. Các nhóm du khách đến tham quan Vườn quốc gia Xuân Thủy có thể đêm tại vườn.
Ninh Bình
Trong quy hoạch phát triển du lịch Ninh Bình thì nhà thờ Phát Diệm và vùng ven biển Kim Sơn là 1 trong 7 trọng điểm được coi là động lực phát triển của tỉnh. Ninh Bình đã hoàn thành nâng cấp tuyến đường tỉnh lộ 481 từ thị trấn Phát Diệm xuống thị trấn Bình Minh và tới tận đê biển Bình Minh 2, tuyến đê hữu Đáy được kiên cố hóa, chợ đầu mối thủy sản Kim Đông, cảng tổng hợp Kim Sơn, khách sạn Sóng Biển đều được xây dựng... Có 2 bến xe khách trong khu sinh quyển là bến xe Cồn Thoi và bến xe Kim Đông. Hạ tầng cơ sở du lịch vẫn được đầu tư mạnh mẽ. Sản phẩm du lịch vùng bãi ngang cồn nổi Ninh Bình là tham quan tìm hiểu môi trường sinh thái vùng đất mở, rừng ngập mặn Kim Sơn, du lịch đồng quê với các đồng cói, đầm tôm, nghề nuôi trồng thủy sản, nấu rượu Kim Sơn, cói mỹ nghệ, tắm biển cồn nổi...
Các vấn đề bảo tồn
Đánh giá tình trạng đa dạng sinh học của các vùng chim quan trọng đất ngập nước ở khu vực đồng bằng Bắc Bộ, tổ chức bảo tồn các loài chim và sinh cảnh BirdLife Quốc tế tại Việt Nam nhận định đợt khảo sát toàn diện các vùng đất ngập nước ven biển khu dự trữ sinh quyển châu thổ sông Hồng (11/2005-3/2006) đã xác định được 6 vùng chim quan trọng đất ngập nước ưu tiên cho công tác bảo tồn trong khu vực có tính đa dạng phong phú và có ý nghĩa toàn cầu. Đây là vùng có ý nghĩa sống còn đối với công tác bảo tồn đa dạng sinh học ở Đông Dương, có ý nghĩa cực kỳ quan trọng đối với các loài chim nước di cư đến và đi qua từ Đông Bắc Á và Xibêri đến châu Đại Dương. Do đó, việc duy trì tính toàn vẹn và chất lượng sinh cảnh vùng đồng bằng Bắc Bộ được coi là một nghĩa vụ quốc tế. Theo tổ chức Friends of the Earth, bảo vệ những vùng đệm tự nhiên là cách giải quyết duy nhất để bảo vệ dân cư vùng ven biển chống lại sóng triều và các đe dọa khác trong tương lai.
Tiền Hải là vùng đất ngập nước quan trọng tại cửa Ba Lạt vùng châu thổ sông Hồng. Với diện tích 12.500 ha, năm 2004 UNESCO công nhận là một trong những vùng lõi quan trọng của khu dự trữ sinh quyển thế giới. Tỉnh Thái Bình đã trồng rừng ngập mặn, hoàn chỉnh qui hoạch vành đai rừng phòng hộ ven biển trồng rừng mới ở các bãi bồi, đưa diện tích, rừng ngập mặn lên 12.000 ha. Đây cũng là vùng phát triển nghề đánh bắt thủy sản gần bờ nhưng sự tồn tại của nghề này lại phụ thuộc rất nhiều vào việc duy trì được tính toàn vẹn sinh thái của các khu rừng ngập mặn, các bãi ngập triều và các sinh cảnh khác.
Rừng ngập mặn Kim Sơn (Ninh Bình) được chính phủ Việt Nam, Nhật Bản và Ban quản lý rừng phòng hộ Ninh Bình trồng từ năm 1995 với 2 loại cây sú, vẹt. Có tổng diện tích gần 1000 ha, chủ yếu được trồng ở những bãi bồi ven biển. Kim Sơn được Tổ chức BirdLife đánh giá là vùng đất ngập nước có tầm quan trọng ở vùng ven biển đồng bằng Bắc Bộ, được kiến nghị công nhận là khu Ramsar do đáp ứng các tiêu chí: tập trung nhiều kiểu đất ngập nước còn khá nguyên trạng đặc trưng cho vùng cửa sông ven biển Bắc Bộ, là nơi tập trung chim nước với số lượng gần 28.000 cá thể. Từ năm 2002, khi phong trào nuôi tôm sú vùng bãi bồi phát triển mạnh, con người đã khai phá đất ven biển, chặt phá rừng phòng hộ để làm đầm trái phép. Trước thực trạng này, các ngành chức năng đã nghiên cứu các mô hình xây dựng rừng phòng hộ ven biển và các mô hình lâm ngư kết hợp. Nổi bật là các mô hình trồng rừng ngập mặn phòng hộ đê biển và trồng cây bờ bao do Viện Khoa học Lâm nghiệp Việt Nam nghiên cứu, triển khai.
Tại Nam Định, nhân dịp mít tinh kỷ niệm ngày đất ngập nước thế giới (2 /2 /2007), VQG Giao Thủy cùng với hội bảo vệ thiên nhiên và môi trường Việt Nam đã tiến hành lễ ký kết nghĩa môi trường giữa hội và vườn quốc gia Giao Thủy.